Les règles de TVA e-commerce sont complexes et évoluent. Ce guide couvre la situation 2026-2027. Consultez un expert-comptable avant de prendre toute décision sur votre régime de TVA au sein de l'UE.
Gérer la comptabilité d'une boutique Shopify ou WooCommerce n'a rien à voir avec celle d'une agence de services. Les volumes de transactions, la TVA multi-pays, les exports Shopify à réconcilier et les règles propres aux marketplaces créent une complexité spécifique que beaucoup d'e-commerçants découvrent trop tard.
L'essentiel en bref- Vente en France uniquement : TVA française classique, déclarée via CA3 ou CA12.
- Vente UE sous 10 000 € cumulés : TVA française en principe, sauf option pour le pays de destination.
- Vente UE au-delà de 10 000 € : TVA du pays du client, avec le guichet OSS pour simplifier les déclarations.
- Vente sur une marketplace : vous restez responsable de la TVA dans la plupart des cas, sauf situations précises où la plateforme en devient redevable.
- TVA e-commerce en France : les bases
- Ventes dans l'UE : le régime OSS
- Amazon, Etsy, Cdiscount : qui déclare la TVA ?
- Charges déductibles spécifiques à l'e-commerce
- Exporter les données Shopify ou WooCommerce
- Facturation électronique et e-reporting
- Questions fréquentes
1. TVA e-commerce en France : les bases
En France, les ventes en ligne à des particuliers français sont soumises à la TVA selon les taux applicables à la catégorie de produit : 20 % (standard), 10 % (notamment restauration, transport, certains travaux), 5,5 % (livres, alimentation), 2,1 % (médicaments remboursés, presse).
Si vous vendez uniquement à des clients français, le principe est simple : vous collectez la TVA selon le taux de vos produits et vous la reversez à la DGFiP via vos déclarations de TVA : CA3 mensuelle ou CA12 annuelle en 2026. Avec la suppression du régime simplifié au 1ᵉʳ janvier 2027, la CA12 disparaît au profit d'une CA3 mensuelle ou trimestrielle selon votre régime.
Franchise de TVA en micro-entreprise
Les micro-entrepreneurs bénéficient d'une franchise de TVA tant qu'ils ne dépassent pas 85 000 € de chiffre d'affaires sur l'année précédente, avec un seuil majoré de 93 500 € pour l'année en cours (vente de marchandises), ou 37 500 € sur l'année précédente, avec un seuil majoré de 41 250 € pour l'année en cours (prestations). Au-delà, l'assujettissement devient obligatoire. Pour le détail, voir comment fonctionne la franchise en base de TVA et la TVA pour un auto-entrepreneur.
2. Ventes dans l'UE : le régime OSS
Depuis le 1ᵉʳ juillet 2021, les règles de TVA applicables aux ventes à distance intracommunautaires de biens réalisées à des particuliers ont été harmonisées au niveau européen. Pour une entreprise établie uniquement en France, un seuil de 10 000 € HT s'applique à ces ventes, cumulé avec certaines prestations électroniques, de télécommunication et de radiodiffusion fournies à des particuliers établis dans d'autres États membres.
Tant que ce seuil n'est pas dépassé pendant l'année civile en cours et ne l'a pas été pendant l'année précédente, la TVA française peut, sous réserve des conditions légales, continuer à s'appliquer. Lorsque le seuil est dépassé, les ventes à distance sont en principe soumises à la TVA de l'État membre où se trouve le consommateur. L'entreprise peut aussi opter volontairement pour la TVA du pays de destination avant le dépassement du seuil.
| Situation | TVA applicable | Déclaration |
|---|---|---|
| Vente à un client français (particulier) | TVA française au taux applicable au produit, sauf franchise ou régime particulier | 2026 : CA3/CA12 classique. 2027 : CA3 mensuelle ou trimestrielle selon le régime |
| Vente à un client UE (particulier), moins de 10 000 € cumulés | En principe TVA française, sauf option pour la taxation dans le pays de destination | 2026 : CA3 classique. 2027 : CA3 mensuelle ou trimestrielle, e-reporting selon le calendrier |
| Vente à un client UE (particulier), plus de 10 000 € cumulés | TVA du pays de destination | Déclaration possible via le guichet OSS plutôt que des déclarations locales multiples |
| Vente à un professionnel UE (B2B) | En principe exonération de TVA française si les conditions sont réunies | CA3 + état récapitulatif des clients |
| Vente hors UE (USA, Canada, etc.) | Exportation exonérée de TVA française sous conditions | À reporter sur la déclaration de TVA, justificatifs d'exportation à conserver |
Le guichet unique OSS (One Stop Shop)
L'OSS permet à une entreprise établie en France de déclarer et payer, depuis un seul guichet, les TVA dues dans plusieurs États membres sur les opérations couvertes par ce dispositif. Cela évite, dans de nombreux cas, de devoir s'immatriculer à la TVA séparément dans chaque pays où se trouvent les consommateurs.
Attention toutefois : le dépassement du seuil de 10 000 € ne rend pas juridiquement l'utilisation de l'OSS obligatoire. Ce qui devient applicable, c'est la taxation dans le pays de destination. L'OSS est le mécanisme de simplification généralement utilisé pour satisfaire à cette obligation. L'inscription se fait en ligne via le guichet unique de TVA.
3. Amazon, Etsy, Cdiscount : qui déclare la TVA ?
Depuis 2021, certaines opérations de commerce électronique réalisées par l'intermédiaire de marketplaces relèvent d'un mécanisme particulier de TVA. Mais il est incorrect de dire qu'Amazon, Etsy, Cdiscount ou Rakuten collectent systématiquement la TVA à la place de tous leurs vendeurs : la règle dépend de la nature exacte de la transaction.
Dans certaines situations prévues par la réglementation, la marketplace est considérée, pour les besoins de la TVA, comme ayant elle-même acheté puis revendu le bien au consommateur final. Ce régime concerne notamment, sous conditions, certaines ventes à des particuliers dans l'UE lorsque le vendeur n'est pas établi dans l'UE, et certaines ventes à distance de biens importés contenus dans un envoi dont la valeur intrinsèque n'excède pas 150 €.
Dans ces situations, la plateforme peut être juridiquement redevable de la TVA sur la vente. En revanche, lorsqu'un e-commerçant français ou européen vend sur une marketplace dans une situation qui n'entre pas dans ces dispositifs, il peut rester lui-même responsable de la TVA.
Ne comptabilisez pas le virement bancaire comme chiffre d'affaires
Un relevé Amazon peut regrouper ventes, remboursements, commissions, frais logistiques et, selon les opérations, TVA dont Amazon est lui-même redevable. Comptabiliser directement le virement bancaire comme chiffre d'affaires ou déclarer automatiquement de la TVA sur l'ensemble des ventes peut donc conduire à une erreur.
Les Amazon Settlement Reports doivent être rapprochés de la comptabilité afin de distinguer chiffre d'affaires, TVA, remboursements, commissions, frais et opérations pour lesquelles la marketplace est redevable de la taxe. Cette réconciliation est une étape particulièrement importante pour éviter les doublons de TVA.
4. Charges déductibles spécifiques à l'e-commerce
Les frais engagés pour exploiter une boutique en ligne peuvent généralement être déductibles du résultat fiscal lorsqu'ils sont engagés dans l'intérêt de l'entreprise, correctement justifiés et qu'ils respectent les conditions fiscales de déduction. Attention toutefois : cette logique concerne notamment les entreprises imposées selon un régime réel. Un micro-entrepreneur soumis au régime micro ne déduit pas individuellement ses charges professionnelles ; l'administration applique un abattement forfaitaire correspondant à la nature de son activité.
| Charge | Déductible ? | Remarque |
|---|---|---|
| Abonnement Shopify / WooCommerce et hébergement | Oui | À 100 % |
| Commission plateforme (Amazon fees, Etsy fees, etc.) | Oui | Charges directement liées à l'activité |
| Logistique et frais d'expédition | Oui | Colissimo, Chronopost, 3PL |
| Coût des marchandises (achat stock) | Oui | Achats et variation de stock à comptabiliser correctement |
| Emballages et matériel d'expédition | Oui | Cartons, ruban, bulles, étiquettes |
| Publicité (Facebook Ads, Google Ads) | Oui | Attention à l'autoliquidation de TVA si le prestataire est étranger |
| Photographe produits / studio photo | Oui | Contrat ou facture |
| Logiciels e-commerce (ERP, CRM, Klaviyo, etc.) | Oui | TVA et autoliquidation à vérifier selon le fournisseur |
| Retours et remboursements | À comptabiliser | Correction du chiffre d'affaires et, le cas échéant, de la TVA |
La TVA sur les services étrangers
Un abonnement à un logiciel étranger ou une campagne publicitaire achetée auprès d'un prestataire établi hors de France ne signifie pas qu'il n'existe aucune TVA à traiter. Lorsqu'une entreprise française achète une prestation B2B à un prestataire non établi en France, elle peut devoir autoliquider la TVA française : elle calcule elle-même la TVA due et la fait apparaître dans sa déclaration. Lorsque le droit à déduction est intégral, cette TVA autoliquidée peut simultanément être déduite dans les conditions de droit commun. Le mécanisme peut donc être financièrement neutre, mais il reste déclarativement obligatoire.
5. Exporter les données Shopify ou WooCommerce pour la comptabilité
La difficulté principale de la comptabilité e-commerce vient du volume de transactions à réconcilier. Une seule commande peut générer plusieurs opérations : encaissement du client, TVA collectée, commission de marketplace, frais de paiement, frais logistiques, remboursement partiel, frais de change, reversement bancaire plusieurs jours plus tard. C'est pourquoi le simple rapprochement du chiffre d'affaires avec les virements reçus sur le compte bancaire ne suffit généralement pas, et pourquoi il vaut mieux tenir sa comptabilité à jour chaque mois plutôt qu'en fin d'exercice.
- Shopify : Rapport des paiements (.CSV), rapport des commandes, rapport fiscal TVA. Réconciliation commandes / paiements / remboursements / frais.
- WooCommerce : Export commandes (.CSV), rapport TVA WooCommerce. Extraction directe ou automatisée via connecteur.
- Amazon : Amazon Settlement Reports (mensuel), rapport TVA. Réconciliation ventes / TVA / remboursements / commissions / frais.
- Etsy : Export des dépôts et des ventes (.CSV). Identification des ventes, frais et TVA éventuellement prise en charge par la plateforme.
- Stripe / PayPal : Rapport des transactions, à réconcilier avec les commandes de la plateforme.
Automatiser la réconciliation
Automatisez autant que possible la récupération et la réconciliation des données entre votre boutique, les marketplaces, les prestataires de paiement et votre logiciel comptable. Des outils comme A2X, Synder ou les connecteurs proposés par certaines solutions comptables peuvent réduire fortement le risque d'erreur. Côté banque, la synchronisation bancaire de CaptainCompta remonte automatiquement vos virements Shopify, Stripe ou PayPal. Votre expert-comptable CaptainCompta peut vous accompagner dans la configuration de ces flux.
Votre comptabilité e-commerce vous prend trop de temps ?
CaptainCompta intègre vos données Shopify, WooCommerce, Amazon et vos moyens de paiement dans votre comptabilité. TVA OSS, marketplaces, CA3, e-reporting et facturation électronique : votre expert-comptable vous accompagne dans la gestion de vos obligations 2027.
6. Facturation électronique et e-reporting : ce qui change en 2026-2027
La réforme de la facturation électronique ne concerne pas uniquement les entreprises qui vendent en B2B. Pour un e-commerçant, il faut distinguer deux mécanismes :
L'e-invoicing : les factures B2B
Concerne les opérations entrant dans le champ de la facturation électronique obligatoire entre entreprises assujetties à la TVA établies en France. Lorsqu'une boutique vend à une autre entreprise française dans une opération concernée, la facture devra être transmise sous forme électronique conformément aux nouvelles règles. Une simple facture PDF envoyée par e-mail ne constitue pas, à elle seule, une facture électronique conforme.
L'e-reporting : les données B2C et internationales
Les ventes à des particuliers ne sont pas soumises à l'e-invoicing B2B, mais elles ne sont pas exclues de la réforme pour autant. Elles relèvent de l'e-reporting : la transmission à l'administration fiscale de certaines données de transaction, notamment pour les opérations avec des particuliers et certaines opérations avec des professionnels établis à l'étranger. Un e-commerce exclusivement B2C peut donc être pleinement concerné, même sans facture électronique B2B.
Voici le calendrier à retenir pour un e-commerçant (toutes les dates dans notre calendrier de la facture électronique 2026-2027) :
- Depuis le 1ᵉʳ septembre 2026 – Grandes entreprises et ETI : Toutes les entreprises assujetties établies en France doivent pouvoir recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et ETI sont également soumises aux obligations d'émission et d'e-reporting qui leur sont applicables.
- À compter du 1ᵉʳ septembre 2027 – PME et micro-entreprises : Émission des factures électroniques pour les opérations B2B concernées, transmission des données d'e-reporting, et transmission des données de paiement lorsqu'elles sont concernées.
Franchise en base de TVA : êtes-vous quand même concerné ?
Oui, potentiellement. Le fait de bénéficier de la franchise en base de TVA ne signifie pas automatiquement que l'entreprise est hors du champ de la réforme de la facturation électronique : une entreprise peut être assujettie à la TVA tout en bénéficiant d'une franchise qui la dispense de facturer et reverser cette taxe sur certaines opérations. Les micro-entrepreneurs et petites entreprises doivent donc vérifier leurs obligations de réception, d'émission et d'e-reporting selon leur situation : voir qui est concerné par la facture électronique obligatoire et la page officielle impots.gouv.fr sur la facturation électronique.
La suppression du régime simplifié de TVA au 1ᵉʳ janvier 2027 aura également un impact sur la fréquence de l'e-reporting à compter du 1ᵉʳ septembre 2027 : pour une entreprise au réel normal trimestriel, les données de transaction sont en principe transmises une fois par mois ; pour une entreprise au réel normal mensuel, elles sont transmises par décade, les données de paiement restant mensuelles.
CaptainCompta pour les e-commerçants
- Intégration des données Shopify, WooCommerce, Amazon, Stripe et PayPal dans la comptabilité
- Réconciliation des ventes, remboursements, commissions et virements
- Gestion de la TVA OSS et des ventes à distance intracommunautaires
- Identification des opérations où la marketplace est redevable de la TVA, pour éviter les doubles déclarations
- Passage aux déclarations CA3 mensuelles ou trimestrielles à compter de 2027
- Accompagnement sur l'e-reporting et la facturation électronique
- Conseil sur le statut juridique et fiscal (micro-entreprise, entreprise individuelle, EURL, SASU) selon votre activité, votre chiffre d'affaires et votre situation
- Expert-comptable inscrit à l'OEC : une expertise comptable réelle, pas un simple outil automatisé
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Pour savoir à quoi vous attendre côté budget, consultez notre comparatif des prix d'un expert-comptable en ligne. Pour aller plus loin, notre guide explique comment calculer le bénéfice de votre entreprise entre IS, IR et charges déductibles. Vous hésitez encore sur le statut juridique de votre boutique ? Consultez notre comparatif pour choisir le bon statut juridique pour son entreprise.
Questions fréquentes : comptabilité e-commerce 2026-2027
Faut-il s'inscrire au guichet OSS si je vends peu à l'étranger ?
En 2026 comme en 2027, lorsque le seuil global de 10 000 € HT de ventes à distance intracommunautaires concernées n'est dépassé ni l'année en cours ni l'année précédente, la TVA française peut en principe continuer à s'appliquer. Au-delà de ce seuil, la TVA devient en principe due dans le pays du client, et le vendeur peut alors utiliser le guichet OSS pour centraliser la déclaration et le paiement. L'OSS n'est donc pas « obligatoire au-delà de 10 000 € » : c'est un dispositif de simplification.
Comment fonctionne la TVA quand Amazon collecte à ma place ?
Amazon ne collecte pas la TVA à la place du vendeur sur toutes les ventes. Dans certaines opérations prévues par la réglementation, la marketplace devient elle-même redevable de la TVA, notamment pour certaines ventes réalisées par des vendeurs non établis dans l'UE ou certaines ventes de biens importés d'une valeur n'excédant pas 150 €. Dans ces cas, le vendeur ne doit pas déclarer une seconde fois cette même TVA. Mais pour de nombreuses autres ventes, il reste lui-même responsable de la TVA, d'où l'importance de réconcilier les rapports Amazon en distinguant ventes, TVA, remboursements, commissions et frais.
Peut-on déduire les frais de retour et remboursements de clients ?
Les frais de retour supportés par l'entreprise peuvent, en principe, constituer des charges déductibles lorsqu'ils sont professionnels et justifiés. Le remboursement du prix au client fonctionne différemment : il vient généralement corriger la vente initiale, souvent par l'intermédiaire d'un avoir, ce qui peut entraîner une diminution du chiffre d'affaires et, le cas échéant, une régularisation de la TVA correspondante.
Shopify collecte-t-il la TVA à ma place ?
En principe, non. Shopify peut calculer la TVA selon la configuration de votre boutique, mais le vendeur reste généralement responsable de la détermination, de la collecte, de la déclaration et du paiement de la TVA. Il faut distinguer Shopify, utilisé comme outil de boutique en ligne, d'une marketplace tierce qui peut, dans certaines situations précises, devenir elle-même redevable de la TVA.
